“营改增”的改革目的，主要是调整中国产业结构，通过结构性减税来达到减轻社会的平均税负。这样的政策对于多数企业来说，都是对税负利好的。但是由于增值税征收中将纳税人分为一般纳税人与小规模纳税人，对于某些少部分的企业来说，税负反而增高。“营改增”全面试点后，文件(财税[[2016]36号)规定，超过财政部、国家税务局规定的年应征增值税销售额标准500万元的纳税人称为一般纳税人，反之则称为小规模纳税人。             

    对于大多数中小型医院来说，由于医院的对外土地租赁少甚至无、对外研讨培训以及其他非医疗服务类投资等也相对较少，因此，年应征销售额低于500万元容易控制，一般可纳入小规模纳税人。这些小规模纳税人的医院在“营改增”实施后，虽然年度应征销售额无进项税抵扣，但是由于税率由原5%的营业税降为3%的增值税，依旧降低了税负，更有利于这些医院的发展。但是对于大型的综合性医院，由于其年度培训、非医疗服务投资以及多余土地租赁等收入较多，很容易就超过了规定的500万元年应征销售额，所以一般会作为一般纳税人来对待。而作为一般纳税人的大型综合性医院，一般为非营利性医院，因此其提供的医疗服务是在国家免征范围内的。正因为如此，这些医院年度内购入的各种医疗设备与药品、医院耗材等等没有合理的进项税来抵扣，而且税率由原来5%的营业税变为6%的增值税，税负会有将近20%的增加。这对于年应征销售额大的综合性医院也是一笔不小的税负。